Sau khi đánh bại quân Tiền Tần, nhân việc Tiền Tần suy sụp, Tạ Huyền đã dẫn đầu một chiến dịch nhằm tái chiếm các lãnh thổ đã mất, Đông Tấn sau đó đã lấy được hầu hết các châu của Tiền Tần ở phía nam Hoàng Hà một cách khá nhanh chóng, cũng như lấy lại Lương Châu và Ích Châu. Tuy nhiên, thừa tướng Tạ An, người được tín nhiều lớn sau chiến thắng, bắt đầu để mất thiện cảm trong con mắt của Hiếu Vũ Đế, con rể của Tạ An là Vương Quốc Bảo (王國寶), không hài lòng về việc Tạ An đã không ban cho mình một vị trí quan trọng nên bắt đầu xu nịnh cả Hiếu Vũ Đế và Hội Kê vương Tư Mã Đạo Tử và tấn công Tạ An. Tuy nhiên, Tạ An vẫn là thừa tướng cho đến khi ông qua đời vào năm 385. Tư Mã Đạo Tử thay thế vị trí của ông. Cả Hiếu Vũ Đế và Tư Mã Đạo Tử sa vào tiệc rượu và không dành nhiều thời gian cho chính sự.

Năm 387, Hiếu Vũ Đế lập con trai cả của mình là Tư Mã Đức Tông, khi ấy mới 5 tuổi, làm thái tử, tuy thế Tư Mã Đức Tông gặp phải căn bệnh "phát triển chướng ngại rất nghiêm trọng, ngay cả sau khi lớn lên, ông vẫn được mô tả là không thể nói chuyện hay tự mặc được y phục, và thậm chí không thể cho biết liệu ông no hoặc đói trong khi ăn.

Năm 390, Hiếu Vũ Đế bắt đầu mệt mỏi với việc Tư Mã Đạo Tử lợi dụng sự tín nhiệm của ông và trở nên bất kính, ông quyết định phải lập lực lượng đối trọng. Vũ Đế quyết định cho các quan là Vương Cung (王恭) và Ân Trọng Kham (殷仲堪) làm thứ sử các châu chủ chốt, bất chấp cảnh báo rằng cả Vương và Ân có tài tư tưởng hẹp hòi và có thể phát sinh vấn đề về sau.